9.什么是chip-seq
染色质免疫共沉淀技术（chromatinimmunoprecipitation，chip）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与dna相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将chip与第二代测序技术相结合的chip-seq技术，能够高效地在全基因组范围内 检测与组蛋白、转录因子等互作的dna区段。
chip-seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（chip）特异性地富集目的蛋白结合的dna片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的dna片 段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的dna区段信息。
10.什么是chirp-seq
chirp-seq( chromatin isolation by rna purification )是一种检测与rna绑定的dna和蛋白的高通量测序方法。方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针，把目标rna拉下来以后，与其共同作用的dna染色体片段就会附在到磁珠上，最后把染色体片段做高通量测序，这样会得到该rna能够结合到在基因组的哪些区域，但由于蛋白测序技术不够成熟，无法知道与该rna结合的蛋白。
11.什么是rip-seq
rna immunoprecipitation是研究细胞内rna与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现mirna的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的rna-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的rna进行测序分析。
rip可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀chip技术的类似应用，但由于研究对象是rna-蛋白复合物而不是dna-蛋白复合物，rip实验的优化条件与chip实验不太相同（如复合物不需要固定，rip反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有rna酶，抗体需经rip实验验证等等）。rip技术下游结合 microarray技术被称为rip-chip，帮助我们更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的rna变化。
12.什么是clip-seq
clip-seq,又称为hits-clip，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一项在全基因组水平揭示rna分子与rna结合蛋白相互作用的技术。其主要原理是基于rna分子与rna结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以rna结合蛋白的特异性抗体将rna-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的rna片段，经添加接头、rt-pcr等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示rna结合蛋白与rna分子的调控作用及其对生命的意义。
